日本全国には８万社の神社があり、コンビニの４万３千店をはるかに上回る。神社本庁に属さない神社もあるが、基本的には全国の神社を包括する組織が神社本庁になる。

神社の中で最も数が多いのは稲荷神社で３．２万社、次が八幡神社２．５万社で、この後が伊勢神宮、天満宮になる。

日本は戦前まで神社は内務省の外局により統括されていたが、連合国指令部の命令により国家と神社の分離が行われ、神社本庁が民間の組織としてこの事務を引き継いだ。神社本庁の総裁は代々皇室より選出されている。神社の神主は世襲が多いが、有名な神社には神社本庁より派遣される場合が多い。