ＪＲの高速バス乗り場は東京駅八重洲口高速バス乗り場、新宿新南口高速バス乗り場があり、一部相互乗り入れをしている乗り場として池袋２ヶ所、渋谷がある。

ＪＲ以外の高速バス乗り場は新宿駅西口高速バス乗り場、新宿駅西口小田急高速バス乗り場、渋谷マークシティ高速バス乗り場、池袋高速バス乗り場、京急品川高速バスターミナル、にある。

参考： 都内高速バス乗り場・行先一覧、行先別高速バス乗り場、高速バス／特急・新幹線料金比較、

新宿高速バスターミナルはヨドバシカメラの反対側にあり、１８社のバス会社の総合窓口になる。

昼行便：
長野、善光寺（長野）
勝沼・甲府、（山梨）
八ヶ岳・上諏訪・岡谷、
平湯温泉・丹生川・高山濃飛バスセンター
安曇野・白馬八方
松本ＩＣ・松本バスターミナル
中津川淀川・下呂温泉（岐阜）、
木曽福島、（長野）
中津川・名古屋名鉄バスセンター（愛知）
飯田・昼神温泉郷
伊那・駒ヶ根
南アルプス・身延山、（長野・静岡）
富士急ハイランド・本栖湖・富士山五合目・山中湖
沼津
静岡
浜松

夜行高速バス：
仙台・石巻（宮城）
豊川・豊橋・田原駅前
天理・近鉄奈良
天理・高田・五条バスセンター
千里・大阪（阪急梅田）、（大阪）
ＪＲ茨木市駅・ＪＲ天王寺（あべの橋）、（大阪）
三宮・姫路、（兵庫・）
京都・枚方、（京都・大阪）
宇治・枚方・高槻
津山・岡山・倉敷
道後・松山、（愛媛）
高松・坂出・丸亀、（香川）
博多・福岡
金沢・小松・加賀温泉

新宿高速バスターミナルはMY新宿第二ビルに沿っているので、新宿駅より地下連絡通路を利用する場合は小田急百貨店地下よりKEIO MALL手前を右折してMY新宿第二ビルまたは新宿高速バスターミナルを目指して進む。