ゆりかもめ船の科学館駅前に大きな客船の形をした船の科学館本館がある。この本館では日本における船の歴史が模型・映像などにより解説されている。

また、本館より海側には南極観測船であった宗谷、青函連絡船であった羊蹄丸が接岸され、船内の見学が可能になっている。

お台場駅、お台場海浜公園駅、東京テレポートなどから船の科学館へは少し距離があるが無料巡回バスは船の科学館の近く青海臨時駐車場に止まるので、ここから徒歩で行くと近くて便利になる。無料巡回バスお台場各乗り場、